内縁関係が成立するには、同居や生計の同一といった、「夫婦同然の共同生活の実態があること」が条件の一つになります。そのため、別居したら、夫婦同然の共同生活の実態はなくなったとして、内縁関係は解消されたとみなされるでしょう。
内縁の定義について、詳しくはこちらをご覧ください。

内縁関係の証明が必要になる場合

別居して内縁関係を解消する際、場合によっては、慰謝料や財産分与等、様々な請求ができます。ですが、これらの請求を裁判所に認めてもらうには、内縁関係を証明する必要が生じることもあります。内縁関係の成否について争われるケースもあるからです。

内縁関係の場合、内縁関係にある期間中は婚姻費用の分担義務を負いますが、別居した時点で内縁関係は解消されたとみなされるため、別居中の婚姻費用を請求することは困難であるといえます。ただし、単身赴任や入院等による一時的な別居にすぎないのであれば、内縁関係が解消されたとはみなされず、別居中の婚姻費用の請求が可能になります。

内縁関係でも、別居後に子供の養育費をもらえる余地はあります。

内縁関係の夫婦間に生まれた子供は、非嫡出子となり、子供の戸籍上の父親は不明となるため、父親（内縁の夫）に子供の扶養義務は生じません。

ですが、父親が子供を認知した場合は、法律上の父子関係が成立し、父親にも子供の扶養義務が生じるため、別居したとしても父親に対して養育費を請求することができます。
詳しくは以下をご覧ください。

内縁関係の場合の養育費について、詳しい内容は下記の記事をご覧ください。

内縁関係は、準婚関係であるとして、一定の範囲内で法律婚の夫婦と同様の保護を受けられます。そのため、内縁関係の解消に正当な理由がない場合には、解消された側は解消した側に対して、慰謝料を請求することができます。

逆に、一方的に別居し内縁関係を解消させた場合、相手から請求されるおそれがあることにはご注意ください。
詳しい内容は下記の記事をご覧ください。

相手の浮気が原因で別居した場合

内縁関係でも、相手が浮気相手と性的関係を持っていたら、その浮気は不貞行為になります。また、相手が不貞行為をしたことは、内縁関係解消の正当理由に当てはまります。
相手の不貞行為について、不法行為に基づく慰謝料請求を行えるのはもちろんですが、相手の不貞行為についてではなく、相手に原因があったがために別居して内縁関係を解消せざるを得なかったことについて、慰謝料請求することも可能です。

内縁関係で浮気された場合の慰謝料請求について、詳しい内容は下記の記事をご覧ください。

Q:

離婚後も一緒に住み続け、一度別居したがまた一緒に暮らし始めたら、内縁関係といえますか？

A:

婚姻の意思がなく、生計を同一にしているといった夫婦同然の共同生活の実態もなければ、内縁関係にあるとはいえません。

なお、ひとり親家庭への公的支援等を受けようとした際に、離婚後も同居していることで、内縁関係にあるとみなされ、各種手当が支給されない可能性がありますので、ご注意ください。

Q:

家庭内別居は内縁関係と認められてしまいますか？

A:

内縁とは、婚姻届を提出していないものの、婚姻の意思を持って夫婦同然の共同生活を営むことをいいます。家庭内別居であれば、「婚姻の意思を持っている」とはいえず、内縁関係が認められてしまう可能性は高くありません。

しかし、実際に家庭内別居であったか否かを明らかにするための証拠を、しっかりと保管しておいてください。

Q:

内縁状態から別居し、その後また同居した場合は、内縁関係といえますか？

A:

婚姻意思を有し、夫婦同然の共同生活を送っている場合は、内縁関係にあるといえます。

なお、ご質問のケースでは一度別居しているため、別居後も内縁関係が継続しているという考え方もあれば、別居したことで内縁関係は一旦解消され、再度内縁関係が成立したという考え方もあります。どちらの考え方がとられるかは、別居の理由や状況、再び同居することになった経緯、同居後の生活状況等によって異なるでしょう。

内縁関係の場合、法律婚の場合とは異なり、別居したら婚姻費用の請求は困難になってしまうため、別居後の生活費の確保には注意が必要です。その一方で、別居して内縁関係を解消する際に、財産分与や養育費等、法律婚の場合と同様に請求できるものもあります。内縁関係の相手と別居するときには、どのようなお金を請求できるのかということを、きちんと確認しておいた方が良いでしょう。

また、正当な理由なく一方的に別居し、内縁関係の解消に至らせた場合には、相手から慰謝料を請求されるおそれがあることにもご注意ください。ただし、相手が不貞行為をした等、別居に正当な理由があるならば、このような心配はないですし、反対に相手に対して慰謝料を請求することが可能です。

内縁関係の相手と別居するときには、様々な注意点や確認しておいた方が良いことがあります。後に不利益を被ることになってしまわないよう、内縁関係の相手と別居したいと考えているものの、ご不安なことがある場合には、まずは弁護士にお気軽にご相談ください。法律知識を有する弁護士が、ご相談者様が抱いているご不安を少しでも軽くするため、親身になって尽力いたします。